諸子爭鳴，至戰國晚季而益烈，是非樊亂，議論百出。秦一天下，學術隨政治而轉移，乃亦有漸趨統一之傾向。呂不韋著春秋，
史記呂不韋傳：「是時諸侯多辯士，如荀卿之徒，著書布天下。呂不韋乃使其客，人人著所聞，集論以爲八覽、六論、十二紀，二十餘萬言，以爲備天地萬物古今之事，號曰呂氏春秋。布咸陽市門，懸千金其上，延諸侯游士賓客，有能增損一字者予千金。」
汪中述學呂氏春秋敍：「周官失其職，而諸子之學以興，各擇一術以明其學，莫不持之有故，言之成理。及比而同之，則仁之與義，敬之與和，猶水火之相反也。最後呂氏春秋出，則諸子之說兼有之。故勸學、尊師、誣徒（一作詆役）、善學（一作用眾）四篇，皆教學之方，與學記表裏。大樂、侈樂、適音、古樂、音律、音初、制樂皆論樂。藝文志言：『劉向校書，別得樂記二十三篇。』今樂記有其一篇，而其他篇名載在別錄者，惟見於正義所引。按本書適音篇，樂記載之，疑劉向所得，亦有采及諸子，同於河間獻王者。凡此諸篇，則六藝之遺文也。十二紀發明明堂禮，則明堂陰陽之學也。貴生、情欲、盡數、審分、君臣五篇，尙淸淨養生之術，則道家流也。蕩兵（一作用兵）、振亂、禁塞、懷寵、論威、簡選、決勝、愛士七篇，皆論兵，則兵權謀、形勢二家也。上農、任地、辨土三篇，皆農桑樹藝之事，則農家者流也。司馬遷謂不韋使其客人人著所聞，以爲備天地萬物古今之事。然則是書之成，不出一人之手，故不名一家之學，而爲後世修文御覽、華林徧略之所託始。藝文志列之雜家，良有以也。」
意在薈萃羣言，牢籠眾說，借政治之勢力，定學術於一是。其後獲罪而死，其功未竟。李斯得志，遂以高壓鋤異說，而先秦學術蓬勃之氣，至是而熸。陽翟、上蔡之興仆，亦當時學術史上一重要關捩也。李斯從學於荀卿，與韓非爲同門。始皇極愛韓非書，斯旣讒殺非，復以非說迎媚其上。故凡秦一代之政，皆源於荀、韓，而百家之學遂定於一尊。蓋諸子之興，本爲在下者以學術爭政治。而其衰，則爲在上者以政治爭學術。其最著者，爲焚書與坑儒之二事。呂不韋免於始皇十年，十四年韓非死，三十四年下焚書令，距不韋之免二十四年也。
史記秦始皇本紀：「三十四年，始皇置酒咸陽宮，博士七十人前爲壽。僕射周靑臣進頌曰：『他時秦地不過千里，賴陛下神靈明聖，平定海內，放逐蠻夷，日月所照，莫不賓服。以諸侯爲郡縣，人人自安樂，無戰爭之患，傳之萬世。自上古不及陛下威德。』始皇悅。博士齊人淳于越，進曰：『臣聞殷、周之王千餘歲，封子弟功臣自爲枝輔。今陛下有海內，而子弟爲匹夫，卒有田常六卿之臣，無輔拂，何以相救哉？事不師古而能長久者，非所聞也。今靑臣又面諛以重陛下之過，非忠臣。』始皇下其議，丞相李斯曰：『五帝不相復，三代不相襲，各以治。非其相反，時變異也。今陛下創大業，建萬世之功，固非愚儒所知。且越言乃三代之事，何足法也。異時諸侯並爭，厚招游學。今天下已定，法令出一，百姓當家則力農工，士則學習法令辟禁。今諸生不師今而學古，以非當世，惑亂黔首。丞相臣斯昧死言，古者天下散亂，莫之能一，是以諸侯並作，語皆道古以害今，飾虛言以亂實。人善其所私學，以非上之所建立。今皇帝並有天下，別白黑而定一尊，而私學相與非法教，人聞令下則各以其學議之。入則心非，出則巷議。夸主以爲名，異取以爲高，率羣下以造謗。如此弗禁，則主勢降于上，黨與成乎下。禁之便。臣請史官非秦紀皆燒之。非博士官所職，天下敢有藏詩、書百家語者，悉詣守尉雜燒之。有敢偶語詩、書棄市。以古非今者，族。吏見知不舉者，與同罪。令下三十日不燒，黥爲城旦。所不去者，醫藥、卜筮、種樹之書。若欲有學法令，以吏爲師。』制曰：『可』。」
焚書一案，其機發於博士之議政，其制定於使學者以吏爲師。後有章學誠，極稱其法，以謂合乎三代舊典。
文史通義：「以吏爲師，三代之舊法也。秦人之悖於古者，禁詩、書而僅以法律爲師耳。三代盛時，天下之學，無不以吏爲師。周官三百六十，天人之學備矣。其守官舉職而不墜天工者，皆天下之師資也。東周以還，君師政教不合於一。於是人之學術，不盡出於官司之典守。秦人以吏爲師，始復古制。而人乃狃於所習，轉以秦人爲非耳。秦之悖於古者多矣，獨有合於古者，以吏爲師耳。」
章氏之論，知秦政之爲復古，而不知古之不足復。知三代政教之合一，而不知學術之進步，正在其能脫離政治而獨立。是可謂得其事而未當其理者也。至於秦人焚書，論者不一。有謂康人所焚，僅屬民間之書，而博士官所職則不焚者。
劉大槲焚書辨：「六經之亡，非秦亡之，漢亡之也。李斯恐學者道古以非今，於是禁天下私藏詩、書百家之語。其所以若此者，將以愚民，固不欲以自愚也。故曰：『非博士官所職，詣守尉雜燒之。』然則博士之所藏具在，未嘗燒也。迨項羽入關，燒秦宮室，火三月不滅，而後唐、虞、三代之法制，古先聖人之微言，乃始蕩爲灰燼。昔蕭何至咸陽，收秦丞相御史律令圖書，於秦博士所藏之書，獨不聞其收而寶之。設使蕭何能與其律令圖書並收而藏之，則項羽不能燒。項羽不燒，則聖人之全經猶在也。」
有謂秦人焚書，不限民間，卽博士官書亦均燒滅者。
章炳麟秦獻記：「李斯以淳于越之議，夸主異取，故請雜燒以絕其原。越固博士也，商君以詩、書、禮、樂爲六蝨（靳令篇），盡剗滅之，而以法家相秦者宗其術。然則秦不以六藝爲良書，雖良書亦不欲私之於博士。余以著於法令者，自秦紀、史篇、（秦八體有大篆，不焚史篇。）醫藥、卜策、種樹而外，秘書私匧，無所不燒。方策述作，無所不禁。」
今依史事論之，焚書起於博士之議政，豈有博士所職概置不焚之理？則劉說非也。若謂「秘書私匧，無所不燒，方策述作，無所不禁」，則漢興以來，六藝殘缺，終難復全，而諸子何獨完具？則章說亦可疑也。
章炳麟秦獻記：「諸子所以完具者，其書多空言，不載行事。又其時語易曉，而口耳相傳者眾。自三十四年焚書，訖於張楚之興，首尾五年，記誦未衰，故著帛爲具。驗之他書，諸侯史記與禮、樂諸經，多載行事法式，不便諳誦，而尚書尤難讀，故往往殘破。詩有音均，則不滅，亦其徵也。」 今按：章氏論諸子完具之理未可信。若謂易於諳誦，則詩有音均，諳誦爲最易矣。然猶或爲雅，或爲頌，相合而成。諸子如墨、莊、荀、管、韓、呂皆巨帙，豈易盡諳？藝文志所收先秦百家書富矣，謂盡出記誦，事豈可信？謂其書多空言不載行事，則如呂之十二紀，管之幼官，荀之序官，韓之內外儲，墨之備城門以下，皆非所謂行事法式不便諳誦者乎？推此言之，知章氏諸子便諳誦故完具之說非也。
惟王充謂秦人焚書，僅焚五經，不及諸子，其說最可信。
論衡書解篇：「五經遭亡秦之奢侈，觸李斯之橫議，燔燒禁防。漢興收五經，經書缺滅而不明，篇章棄散而不具。亡秦無道，敗亂之也。秦雖無道，不燔諸子。諸子尺書，文篇具在，可觀讀以正說，可採掇以示後人。由此言之，經缺而不完，書無佚本，經有遺篇。」此以「書」「經」分說，書卽諸子尺書，經則五經也。
又佚文篇：「始皇前歎韓非之書，後惑李斯之議，燔五經之文，設挾書之律。五經之儒，抱經隱匿。」
又正說篇：「秦用李斯之議，燔燒五經。」又同篇：「或言秦燔詩、書者，燔詩經之書也，其經不燔焉。夫詩經獨燔其詩；書，五經之總名也。五經總名爲書。秦令史官盡燒五經，有敢藏詩、書百家語者刑，惟博士官乃得有之。五經皆燔，非獨諸家之書也。傳者信之，見言詩、書，則獨謂經謂之書矣。」 今按：王氏謂經乃古代官籍，書則諸子尺書，而言詩、書，則獨謂經謂之書，諸子尺書不與。故秦燔詩、書，乃燔五經，非燔他書。至或言謂秦燔諸家說詩之書而詩本經未燔，此正當時今文家持五經未殘之曲說也。
然百家雖未盡燬，亦不許民間私藏，必博士官乃得有之。故秦王曰：「吾前收天下書不中用者盡去之。」此收書而不盡焚之確證也。其謂不中用者，卽指五經之類矣。焚書令所謂：「非博士官所職，天下敢有藏詩、書百家語者，悉詣守尉雜燒之。」卽是收天下書，不許民間私藏也。故劉氏謂博士官有書是也。章氏謂雖博士書皆焚亦是也。
秦獻記：「不燔六藝，不足以尊新王。諸子之術，分流至於九家，游說乞貸，人善其私，其相攻甚於六藝。今卽弗焚，則恣其曼衍乎？然則秦燔六藝而收諸子，勿恣曼衍，正可知矣。」
惟不能分別秦人焚書不及諸子則皆誤。仲任漢人，博學多識，其言必可信據，自異於後人之推想也。同時趙岐亦言之，
趙岐孟子題辭：「孟子旣沒之後，大道遂絀。逮至亡秦，焚滅經術，坑戮儒生，孟子徒黨盡矣。其書號爲諸子，故篇籍得不泯絕。」（隋志同此說。）
稍後王肅亦言之，
王肅家語後序：「李斯焚書，而孔子家語諸子同列，故不見滅。」皆明諸子不見焚也。
又梁劉勰文心雕龍諸子篇：「暴秦烈火，勢炎崑岡，而烟燎之毒，不及諸子。」
又唐逢行珪注鬻子敍：「遭秦暴亂，書記略盡。鬻子雖不與焚燒，篇帙由此殘缺。」此亦謂諸子不焚也。
上考史記凡言秦焚書事，亦與王充、趙岐之說合。
史記六國表序：「秦旣得意，燒天下詩、書，諸侯史記尤甚，爲其有所刺譏也。詩、書所以復見者，多藏人家。而史記獨藏周室，以故滅。惜哉惜哉！」
皆謂秦人焚書，僅主詩、書、史記，不及諸子。所以焚諸侯史記者，爲其多刺譏。所以焚詩、書經籍者，爲其古今異制。
秦本紀：「由余之告缪公曰：『詩、書、禮、樂，乃中國所以亂。』」商君靳令篇以詩、書、禮、樂爲六蝨。韓非和氏篇：「商君教孝公燔詩、書而明法令。」荀子嘗入秦，而譏其無儒。蓋秦僻處西陲，於周官故籍，鄒魯儒書，最所賤視，由來舊矣。孟子云：「諸侯惡周禮害己，而皆去其典籍。」則焚前傳官書，六國亦先有之，又不獨秦然也。
又詩、書皆古文，與秦文不合。秦旣一天下文書，罷其不與秦文合者，則古文書與新朝官書牴觸，不合時王之制，在無用之列，故盡遭焚滅也。此其事史遷、揚雄皆言之，
史記太史公自序：「秦撥去古文，焚滅詩、書。」此明言詩、書爲古文而見焚也。
又揚雄劇秦美新：「始皇剗滅古文，刮語燒書。」此亦以燒書爲剗滅古文也。
而許愼之言尤詳。
許愼說文序：「及宣王太史籀著大篆十五篇，與古文或異。至孔子書六經，左丘明述春秋傳，皆以古文，厥意可得而說。其後諸侯力政，不統於王，惡禮樂之害己，而皆去其典籍。分爲七國，田疇異畮，車涂異軌。律令異法，衣冠異制，言語異聲，文字異形。秦始皇帝初兼天下，丞相李斯乃奏同之，罷其不與秦文合者。斯作倉頡篇，中車府令趙高作爰歷篇，太史令胡母敬作博學篇，皆取史籀大篆，或頗省改，所謂小篆者也。是時秦燒滅經書，滌除舊典，大發吏卒，興戍役，官獄職務繁，初有隸書，以趣約易，而古文由此絕矣。」 今按：王國維史籀篇疏證序：「說文：籀，讀也。讀，籀書也。籀書爲史之專職。昔人作字書者，其首句蓋云「太史籀書」，以冒下文；後人因取首句「史籀」二字以名其篇。劉、班諸氏不審，乃以史籀爲著此書之人，其官爲太史，其生當宣王之世。不知「太史籀書」，乃周世之成語。以首句名篇，又古書之通例也。」其辨史籀非人名，誠爲卓見。至許氏說六國新文，變易古體，至秦人同文字，而古體遂絕，則其語仍可信據。
蓋晚周之際，通行文字，本有二別。一爲古文，卽宣王以下東周相傳之文字也。一爲今文，則六國以來新興之文字也。蓋簡策之用旣廣，文字之變日繁，其日就孳乳而漸趨於簡易，固非人力之所能制也。
文字有漸變，無改造。當六國時，已有小篆、隸書。酈道元水經注：「人有發古塚，其棺前和題『齊太公六代孫胡公之墓』。惟三字是古文，餘皆隸書。」此秦前已有隸書之證也。困學紀聞卷八：「方氏跋詛楚文以爲秦惠文王二十六年。石湖亦謂當惠文王之世。後百餘年東巡泰山刻石，則小篆非出於李斯。」是秦前已有小篆之證也。逮秦並天下，李斯作倉頡篇，趙高作爰歷篇，胡母敬作博學篇，其書亦取當世用字，編纂章句，以便習誦；於當時字體，特有所整理去取，以改編字書，非改造字體也。莊子天下篇論述古之道術，散於天下，曰：「其明而在數度者，舊法世傳之史，尙多有之。其在詩、書、禮、樂，鄒、魯之士，搢紳先生，多能明之。其數散於天下，而設於中國者，百家之學，時或稱而道之。」則周季之學，類別爲三：官史爲一系。詩、書、禮、樂，卽魯人儒書爲一系。諸子百家爲一系也。詩、書、禮、樂，亦古代官書傳統，與官史同爲古文。諸子百家，則多晚出今文。此先秦書籍。文字已有古今，而實貴族、平民間一大分野也。
至於六國新文，雖亦互有不同，然其時交通殷繁，文學游說之士，或朝秦而暮楚，或傳食於諸侯。如稷下先生，平原賓客，皆廣招異國之人。蘇秦上書於七國，荀卿遍遊於天下。呂氏著書，集諸侯之士，則七國文字之無大乖違可知。秦旣得天下，同書文字，六國之文，以同時相通而見存，東周之文，以異時相隔而見廢，亦至易想見之事也。
王國維有戰國時秦用籀文六國用古文說，謂：「籀文爲周、秦間西土文字，古文爲周、秦間東土文字。」分戰國文字爲東西兩種，殊不可信。
自始皇二十六年同書文字，
史記秦始皇本紀：「二十六年，一法度衡石丈尺，車同軌，書同文。」又瑯琊刻石：「維二十六年，皇帝作始，器械一量，同書文字。」
至三十四年焚書，前後已八年。秦正字之法旣嚴，
史記萬石君列傳：「石建爲郎中令，書奏事。事下，建讀之，曰：『誤書馬字，與尾當五，今乃四，不足一，上譴死矣。』」此雖謹愼，亦見漢時正字之嚴，則秦時可推矣。
治古文者，非徒無用，而又得罪，其人乃益寡。自此至陳涉起事又五年，兵戈搶攘，以迄於漢。至惠帝四年除挾書律，去焚書事已二十三年。諸子書以今文，易通曉；又其書率尙議論，大抵自闢戶牖，別標新見，或則討論時事，感切身世，讀者可以遞相發揮，無取墨守；不比古文舊籍，多係先時陳典，行事法式，世移事變，不足開意；故時人愛誦者多。兼以當時禁令未密，藏弆爲易，故得完具。而六藝古文以傳統專業，通習者少，又干重禁，遂多殘缺，未獲復全，亦其宜也。
自焚書令後一年，有坑儒之事。
史記秦始皇本紀：「三十五年，侯生、盧生相與謀，始皇貪於權勢，未可爲求仙藥，乃亡去。始皇大怒曰：『吾前收天下書，不中用者盡去之。悉召文學方術士甚眾，欲以興太平，方士欲以鍊求奇藥。今聞韓眾去不報，徐市等費以巨萬計，終不得藥，徒姦利相告日聞。盧生等吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我，以重吾不德也。諸生在咸陽者，吾使人廉問，或爲妖言以亂黔首。』於是使御史悉案問諸生，諸生傳相告引，乃自除犯禁者四百六十餘人，皆坑之咸陽。使天下知之以懲後。益發謫徙邊。
其端肇於求仙之無效，侯、盧之亡去。其事止於坑犯禁者四百六十人。其波及於發謫徙邊。或謂秦人盡坑儒士，則昔人已辨之。
王充論衡語增篇：「言燔燒詩、書，坑殺儒士，實也。言其欲滅詩、書，故坑殺其人，非其誠，又增之也。燔詩、書，起淳于越之諫。坑儒士，起自諸生爲訞言。見坑者四百六十七人，傳增言坑殺儒士，欲絕詩、書，又言盡坑之。此非其實，而又增之。」
梁玉繩史記志疑：「余嘗謂世以焚書坑儒爲始皇罪，實不盡然。天下之書雖燒，而博士官所職，與丞相府所藏，固未焚矣。始皇三十六年，使博士爲仙眞人詩。叔孫通傳載二世召博士諸儒生三十餘人，問陳勝。又通降漢，從儒生弟子百餘人。徵魯諸生三十餘人。項羽紀稱魯爲其守禮義死節。則知秦時未嘗廢儒，亦未嘗聚天下之儒而盡坑之。其所坑者，大抵方伎之流，與諸生一時議論不合者耳。」
章炳麟秦獻記：「說苑有鮑白令，斥始皇行桀、紂之道，乃欲爲禪讓，比於五帝。其骨鯁次淳于。漢藝文志儒家有羊子四篇，凡書百章，名家有黃公四篇，黃公名疵，復作秦歌詩；二子皆秦博士也。京房稱趙高用事，有正先用非刺高死。孟康曰：「秦博士。」其窮而在蒿艾，與外吏無朝籍，爛然有文采論著者，三川有成公生，與黃公同時。當李斯子由爲三川守，而成公生游談不仕，著書五篇，在名家。縱橫家有零陵令信一篇，難丞相李斯。（皆見藝文志。）秦雖鉗語燒詩、書，然自內外薦紳之士，與褐衣游公卿者，皆抵禁無所懼，是豈無說哉？若其咸陽之坑死者四百六十人，是特以盧生故，惡其誹謗，令諸生傳相告引；亦由漢世黨錮之獄，興於一時，非其法令必以文學爲戮。數公者，誠不以抵禁幸脫云。」
然或謂坑儒一事，僅限於望星氣求仙藥之方士，
見胡適中國哲學史大綱。
則亦未是。始皇自云：「吾悉召文學方術士甚眾，欲以興太平，方士欲以鍊求奇藥。」是謂以文學興太平，方士鍊奇藥，明文學、方士爲兩途也。又曰：「盧生吾尊賜之高厚，今乃誹謗我。諸生在咸陽者，吾使人廉問，或爲訞言以亂黔首。」此由盧生之謗，而廉及諸生之訞言，不得謂諸生必方術士，而文學士非諸生也。且所謂「自除犯禁者四百六十餘人坑之咸陽」，則候星氣、鍊奇藥非犯禁，烏得謂所坑盡方士？且所坑者僅四百六十人，而以後謫發徙邊者尙無數。扶蘇之諌曰：「諸生皆誦法孔子，今上皆重法繩之，臣恐天下不安。」此尤坑謫不盡於方士之證。故必謂坑儒無害於學者亦非也。
秦人焚書坑儒，事具如此。推其淵源，皆由荀、韓。荀主法後王，誅姦人，故秦禁誹上而坑儒士。荀主正名，故秦同書文而燒古籍。韓言：「明主之國，無書簡之文，以法爲教，無先王之語，以吏爲師。」（五蠧）故秦收書，禁語詩、書，而令學者以吏爲師也。秦人亦專伸一家之學，而行古者政學合一之制耳，非盡滅學術使無存也。秦亦有儒、有師、有博士、有著述，綿延至漢，初未全絕。謂秦焚書坑儒而學術中絕，固非也。然政學分故有諸子，秦主政學復合，卽是絕諸子之學脈也。撥去經籍，遂開漢人今古文之爭。漢之學風，迥異先秦，其轉移之間，烏得謂非秦人之影響耶？則始皇、李斯之功罪，學者細究於先秦與兩漢學風之不同而可知。書之盡焚與否，儒之盡坑與否，固非讞書之所重也。