欧洲自文艺复兴，以回教国强盛，据欧亚二洲交通之地，欧人不得东来，乃争觅新途以径达远东。其时航术日精，富于冒险性之西班牙人、葡萄牙人，各欲先至所谓黄金世界之亚洲。有哥伦布者，信地球圆形，可以西航而东达印度、中国等地。由西班牙之女王助之，遂航海而西，发见美洲。同时葡人又绕道非洲，东至印度，以渐达南洋群岛，寻与中国贸易。一五四二年，有葡船将往中国，途中遇风，漂至大隅之种子岛。其中三人，一为华人，二为葡商，言语不通。华人以手画沙，道其漂至。岛民聚观，待之甚厚。葡人因献枪，答谢藩主；藩主约与贸易。葡船寻还，述其所遇，发见日本之消息，遂传遍欧洲。欧人谓其地多黄金，来者立富；商人争至。时值日本足利氏衰弱时代，群雄纷起，据地自主，日谋扩张兵额，征服四邻。惟战胜者，非徒兵队之众，且恃武器之精，金钱之多。若与欧人贸易，可以兼数者而有之。盖欧人前来，常售其猛烈远射之枪；其购买货物，藩主可以致富；富则有余资可以养兵。故欧人至者，所在欢迎，待遇甚周。日人渐得制枪之术，以枪为军器，流传于各地。且贸易日盛，而耶教遂来。
一五四九年，法兰昔思萨弼Francis Xavier至鹿儿岛。萨弼者，天主教传教士也。天主教，自路德改革宗教以来，在欧洲之势，日益衰微，热心传教者，乃托天主教国西班牙、葡萄牙之保护，来至远东。萨弼先至南洋群岛；日人有犯罪者，逃至其地，悔罪受洗，略习葡语，因劝萨弼至日。萨弼北渡至鹿儿岛；藩主许其布道，意谓有教徒则有商人也。既而商船果至，教徒日多；寺僧忌嫉，令藩主逐之。萨弼走至平户；其地商业兴盛，藩主甚喜，爱及欧人之来传教者，力保护之。其教徒之在鹿儿岛者，一百五十余人，亦四出传教。萨弼在平户，信徒日增，乃知日人之风尚，“上有好者，下必有甚焉者”。遂欲至京城，见天皇将军，说令信教，步行二月，得至平安。时值大乱之后，人民流离，房屋毁圮，欲见天皇将军，而苦无贡物；传道市上，则言语不明，听者无人。数日之后，复归故地，然益信非上信道则民无从者。于是致书印度总督及教主等，请求财货，得欧钟表，精巧货物，献之藩主。藩主得未曾有，喜甚，力与援助，给以空庙，或逐走僧徒，而以其地赐之。神父时或乘船出游，船上葡人率衣锦绣，执火器；日人羡其豪富，争欲通商，益厚遇神父。神父又多为学者，具有世界常识；日本学者，多从之游。萨弼与僧徒论道，辨论有至五日者，因知日本学术，来自中国，尝谓“耶教能传布于中国，则日本自为教国矣”。萨弼卒于一五五二年，居于日本，时间甚促，信徒至七百六十余人。
萨弼卒后，其徒承其遗法，四出传道；每雇幼童，使游行街市，高举旗帜，摇铃鸣钟，招市人聚观；天主教之名，渐渍于人心。神父性情，又极和蔼，尝慰抚贫民，设立医院，瘳治疾病，故信者渐多。九州南部诸藩，间有信之者；其战胜皆归功于天主耶稣，益热心传教，至于焚毁佛像，逐戮僧徒。人民有不信者，迫之不改，则诛戮其家，人心惶恐，有惧祸而受洗者。《传教记录》称：“三月之中，受洗者凡二十万人。”斯可见信教之不自由矣。一五七六年，有地名丰后，其藩主信教，遂招家臣，命皆受洗。邻邑有仇天主教者，率兵伐之，其势益张。方天主教之初传入也，僧徒不知其将仇己。萨弼再至京师，高僧有馆之者，且聚集僧徒，听其讲道。及教士得势，排斥佛教，鼓动藩主，据夺其寺，而逐其人，佛教耶教，相恶日甚。其时织田信长素恶僧徒之横，扰及政治，矫将军义昭之命，以书招教士使来京城，赐地建礼堂，名曰永福寺；僧徒请于天皇，敕其改名，乃以南蛮寺称之，谓其来自南方也。僧徒既恶信长，败将有逃之睿山者，信长使僧徒内应，夹攻灭之，僧徒不听；信长遂纵火，焚毁寺堂，执僧徒斩之。信长又与大阪之僧有隙，遣兵往攻，毁本愿寺。又尝招高僧论难，其辞屈不能答者，命褫僧衣，辱而逐之。会有奉天主教之将士叛，使神父招之，遂降；信长尊之益甚。一五八二年，九州将士之信教者，遣使四人，西往罗马，谒教皇。教皇待之甚厚，示以宫室之壮巍，珍宝之多，圣像之威严。时值新旧二教战争之后，教皇方横恣，全欧之地，王侯争权，农奴困苦；使者尽悉其情，历八年始归。
上已略述耶教兴盛之故，兹再举其他原因，借以明知当时社会之情况。佛教自大化改革后，僧徒拥有雄资强兵，渐忘佛教之真义，不知戒律为何物，往往暴敛资财，纵于酒色，扰及政治。当信长火焚睿山屠戮僧徒之时，人多快之，可见佛教久失人民之信仰。一旦耶教传入，其神父富于服务之精神，能安慰人心，故有弃佛而归之者。就形式而言，巍然礼堂，与佛寺无异；高悬耶教圣母圣徒之像，与佛像无异；礼拜之时，鸣钟歌诗，焚香燃烛，时跪时起，与僧徒之参拜无异。愚民狃于耳目，不生异感。加以诸藩之威迫，神父之和善，信徒数增，所以若此之速。
信长殁后，丰臣秀吉执政。神父有谒见者，秀吉赐以大阪之地一所，为传教之用；且任用教徒，为其亲臣。神父之来大阪者，建筑礼堂，信者颇众。及一五八六年，秀吉征讨九州，知教势强盛，一变故态，立招神父，严加询问，出示禁之；并限传教师于二十日内，概行出国，其不出者，以违命论罪；外船载传教师至者，货物充公。秀吉之所以若此，盖以神父设立学校，赈贫疗疾，谓其“以利诱人，是将有所为也；若今不灭，后必为患”。适其时葡船来至日本，购买幼童，带之远去，鬻以为奴。船中拥挤，幼童至枵腹，疾病无以医治。秀吉疑其以博爱劝人，而不能变国人之心；施药济人，而不能救奴仆之苦；“言不顾行，行不顾言”。因以此事罪之。令出之后，教士会议，遣其愿往中国者数人，借蔽耳目；余多藏于信教之诸藩。秀吉使人至京城大阪圮其礼堂，又遣兵至九州等地毁其教室；兵士得贿，置之不毁。明年，葡使来告，谓非保护教会，则将中止贸易。秀吉惧失贸易之利，复弛其禁。但其心欲杀教徒之势，未尝暂忘，因命教徒中之骁将小西行长，西征朝鲜，其兵教徒也。然弛禁后，信徒骤增，秀吉又闻西班牙教士之欺己，大怒，复严禁耶教。先是，朝见教皇之使者，归自欧洲，日人知欧洲诸国新旧教徒之纷争扰乱，怀疑于耶教者渐多。及是，西班牙之教士在菲律宾者，欲至日本，惟为教皇之命所限，乃冒充聘使，贡献方物。秀吉礼之。教士建礼堂于京城大阪，势力寖盛。秀吉得知，谓“国贼日多”，立命捕获，割其鼻耳，游行市上，寻杀之长崎。长崎，外商会集之地也，教徒尤多。杀之于其地，欲借以警其他之来传教者尔。秀吉严命长崎邑守，尽逐教士，焚毁教堂。但当时教士在日者，一百二十五人，其被逐出者仅七人而已。俄闻秀吉来巡，邑守大惧，乃毁教堂一百三十余所，教士咸潜匿。其明年，秀吉病殁。
德川家康执政，复弛前禁。西班牙之教士，有远来谒见者，得其许可，建设教堂于江户。教士尝为秀吉所逐者，皆归，四出传道，势又大盛。一六〇〇年，英水手有名魏尔·爱丹斯Will Adams者，受雇于荷兰商船，来至日本。时西班牙之海军，已大败于英人，新教之势大盛，以英荷为主。爱丹斯素恶天主教徒，旧教士知其来必相倾轧也，数谋杀之，不成。家康令送之江户，亲自讯问者三。爱丹斯富有口辩，善于应对，悉告以欧洲大势。由是被任为船长，制造巨舰，甚见信从，得赏邑地。荷英商人至者，托其转请通商，家康许之，新教教士来者渐众。向之垄断商业之葡人，一旦因有人与之竞售货物于市场，忌嫉日深，互相倾轧，扰及宗教，辩论甚多。爱丹斯尝告家康曰：“天主教士，包藏祸心，其意颇不测。”家康亦知旧教教皇权力过于国王，天主教徒，率服从教皇之命。苟天主教大盛于日，日本教徒，其服从至高至上为天主使者之教皇耶？抑服从万世一统天照女神之胤耶？时日本政权，已归家康之手，令日人不从其命，非家康所欲也。尤有进者，中世纪政教为一之说，深入神父之心，彼等尝欲干涉政治，借政权为武器，威逼农民，使其奉教。充其所欲，必使日本为一天主教化之国。家康因之乃先杀其权，罢免天主教徒之官于江户者，锢其终身。一六〇六年，家康重申秀吉之禁，教士伪若未闻者，长崎教徒，且举行庆祝大会，游行街市，提灯者万人，为空前之盛典。既而西班牙之船，有来测量日本海岸者，家康益信爱丹斯之言，屡召询问；爱丹斯辄攻击天主教徒，且谓“其势已衰，方见排于英荷诸国”。一六一二年，有教徒谋叛，且求外援，谋泄而败；家康恶之益甚。家康臣属，若加藤清正，佛教徒也。自耶教传入以来，九州僧徒，多遭屠杀，佛寺变为教堂，拜佛者被迫为耶教徒，此固清正等之所深恶者。又自佛教与神道和合之后，信者仍可以祭神祀祖；而教皇神父反之，有禁祀先祖之意。日本神国也，上自天皇，下及庶民，皆自谓神子神孙之遗；一旦骤废祭祀，抛弃报恩追远之义，违反忠君孝亲之说，万世一统之神话，将不能存在，日本之道德观念，将根本破产。当时佛教之势犹盛，天皇朝臣，文学之士，皆读其书；多数人民，虔诚拜佛；其迫为耶教徒者，犹愿归依佛教；僧徒固有报复之心，而家康及其臣，皆谓有严禁耶教之必要矣。一六一三年，又申前禁，而重其罚；然无效果。明年，家康颁布“外人来传道者概皆逐出，毁圮教堂，严禁信教”之令。一时外人来传教者，一百五十六人，或先隐藏逃匿；或托名乘船他往，而复来归；其由家康命船送之他地者，不数月后，又复潜归，隐出布道。
丰臣秀赖
自秀吉殁后，其子秀赖年幼，居于大阪，家康妻以孙女，秉理国政。秀赖兴土木，造寺观，穷极奢华，日渐穷困。家康恐其将为后世忧，借事迫之。秀赖遂传檄四方，号召兵队。其因教禁潜匿者，争先来归，城中步骑至六万余人。家康亲率大军讨之，不克，议和罢兵。秀赖寻复招兵；家康令其他徙，不从，复战。家康围秀赖于大阪，秀赖势迫自杀。家康益恶教徒，将重惩之，会病而死。其子秀忠继之，厉行教禁：凡与教士往来，及善遇之者，财产充公，身以焚死；妻子先报者免罪，邻人不告者罪五家。既而荷船劫掠葡船，得其书信，中有致日教徒劝其叛乱，将遣兵舰助之者，以报秀忠。秀忠知有教士潜归，谓非去国贼，终必叛乱，遂有威迫之令。凡教徒形迹可疑者，皆立捕之；惟践踏十字架，及认上帝为恶鬼者，皆赦免。其固执不从者，先以毒刑拷之，皮破血淋，或死后一二小时而复苏。若犹不改，聚之成堆，使父子相对，夫妇相视，朋友相见，绝其饮食，纵火焚死。九州南部，其地教徒，尝毁佛寺，屠戮僧徒，逼人受洗。信道者，多非所愿，受洗之后，不能祭其先祖，犯不孝之大罪，乃疾首痛心于教会。及是，佥谋报复，毁礼堂，碎十字架，焚其偶像及圣经，一以向之对待佛教徒之成法加诸其身。受祸尤烈者，首推长崎。长崎为通商要地，教徒众多，被斩者，身首异处；乃其死时，毫无惧色，若将因是而归天国者。教徒益相奋勉，或于夜间私取一二片断之尸，归而宝存之。奉行知之，使焚尸成灰，投之于海。顾严刑之后，犹有自认为教徒者；奉行知徒杀不足以服人心，乃招教徒至署，和颜说之。始知多数教徒，极其愚蠢，不识教义，仅能口述祷文，及信死于道者入天国而已；以其迷信之深，宁愿一家同死。既而和善之奉行他迁；新任下车，亲出巡搜；凡形迹类教徒者，皆自讯问，若存有圣经十字架及像画关于耶教者，辄置之于死。尝执信教之妇人，褫其衣裤，令裸体匍匐于市，有若犬豕，如此无人道之酷刑，古今未闻也。当时奉行报功，谓一六二六年，长崎有教徒四万；及三年后，无一存者云。
如此残暴不仁之宗教杀戮，卒以酿成日本前古所无信教不自由之岛原战争。先是，岛原为欧人贸易之市，邑主崇信耶教，人民从之。家康欲除教徒之势，远徙邑主，而代以亲臣。其人鄙吝，不恤下情，赋税苛重，人民流离，复纵兵为虐，民不知命在何时，渐思叛乱。会胥吏验得教徒，遣人捕之；乡民拒捕，复遣兵往。俄闻城中有内应者，仓卒奔还，果获其党。未几，村民大至，城兵逃去；来者益众，至八千人，益田时贞起而应之。时贞者，藩侯也，以信教故，流于其地。至是起兵，民奉为主，焚毁寺观，杀戮僧徒，树十字旗帜，自谓宗教战争；四方教徒之隐匿者，争来归之，势颇盛，数败来兵，进攻重城。败报闻于江户，将军遣兵讨之。教军闻其来也，修岛原故垒，运粟入城，焚城外庐舍，使敌无可凭依。既而诸军来攻，教军据城固守，妇女皆出助战。攻者立于矢石之下，死者相枕藉，终乃败退。及援军至，复不能克。于是诸将集议，有献策者曰：“贼为铤而走险之愚民，急不能择，皆殊死战。吾人侮之，所以败也。请筑长围困之。”谋遂定；且请荷兰战舰发炮相助。卒以城中粮竭，被攻破，屠杀男女老幼，凡三万七千余人。此役也，官军十六万人，围攻一城，历一百二日之久，乃陷之，实西历一六三八年也。
自此战后，将军以与外人贸易则有教徒，有教徒则危及幕府，遂厉行闭关主义，驱逐欧人及血胤混合者，外人已不许再至，日人亦不得外出；且严禁制造可涉风浪之大舟，凡渡海者死无赦。惟荷人以炮击教徒之故，得通商于长崎之小岛；其来贸易者，亦不得越岛一步，俨然囚徒也。荷人贪于重利，相安无事者，二百余年。荷人而外，其得与日本往来通商者，惟中国朝鲜琉球耳。将军之意，以为若此可以免教徒之害，成子孙万世之业，不知后日之所以覆亡幕府者，乃闭关之结果也。又自岛原战争后，日人谓教徒已悉灭绝。乃一八六〇年，有法教士至日者，偶于一村，见教徒万人，斯足见威武之不能服人，及其上下之相欺矣。